El Junior de Barranquilla nació el 7 de agosto de 1924, un domingo al mediodía, bajo un árbol de matarratón en la calle de las vacas con Buen Retiro, según recuerda Carmen Mejía Lavalle. Fundado por Micaela Lavalle de Mejía, el equipo originalmente se llamó Juventud Infantil, inspirado en el Juventus del colegio salesiano del barrio San Roque.
Como equipo aficionado, Junior destacó desde el principio. En 1926 debutó en la liga departamental, ganando la tercera categoría y ascendiendo rápidamente. En 1932 se coronó campeón de la primera categoría. En 1930 tuvo su primera participación internacional, enfrentando al Chancay peruano en Barranquilla. Entre 1932 y 1946, Junior fue considerado el mejor equipo amateur de Colombia, jugando en todo el país.
En 1945, Junior representó a Colombia en el torneo suramericano de Río de Janeiro. Aunque sufrió derrotas ante equipos como Uruguay y Argentina, venció a Ecuador. El fútbol profesional en Colombia comenzó en 1948 y Junior participó, logrando ser subcampeón en el primer torneo profesional tras perder la final con Independiente Santa Fe.
Junior fue expulsado de la Liga por Dimayor en 1949 debido a su participación en Río de Janeiro, pero regresó en 1950. Tras un período de retiro entre 1953 y 1966, volvió de forma definitiva después de la mediación de la FIFA en un conflicto entre Adefútbol y Fedebol.
Desde entonces, Junior ha ganado varios títulos nacionales e internacionales, incluyendo campeonatos en 1977, 1980, 1993, 1995, 2004, 2010, 2011, 2018 y 2019. Alcanzó la semifinal de la Copa Libertadores en 1994 y la final de la Sudamericana en 2018. Estos logros han consolidado su lugar en el corazón de los barranquilleros, convirtiendo a Junior en más que un club, una auténtica pasión y un símbolo de la identidad caribeña colombiana.
