Junior, con una destacada presencia en el fútbol colombiano, se enfrenta al Independiente Medellín en su final 12 de torneos cortos. Este logro lo posiciona como el segundo equipo con más finales disputadas desde la implementación de dos torneos por año, superado por Nacional, con 15 participaciones.
En el Apertura 2003, Junior protagonizó una final polémica contra Once Caldas en Palogrande, recordada por expulsiones y decisiones arbitrales cuestionables, culminando con la coronación de Once Caldas después de 53 años.
El Finalización 2004 presentó la final más cinematográfica. Tras ganar 3-0 en la ida frente a Atlético Nacional, Junior enfrentó una remontada épica en la vuelta, forzando una definición desde el punto penal que ganaron 5-4.
En el Apertura 2009, el favorito Junior, liderado por Teo Gutiérrez y Giovanni Hernández, sucumbió ante Once Caldas, que ganó tanto en Manizales como en Barranquilla, llevándose el título.
El Apertura 2010, con el sello de Carlos Bacca, presenció el triunfo de Junior sobre La Equidad.
El Finalización 2011 fue una historia de remontadas, donde Junior superó un 2-0 en contra ante Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla y sellando el título en una tanda de penales.
Entre 2014 y 2016 Junior perdió 3 finales al hilo: una contra Nacional por penaltis, luego de haber dominado la serie; otra contra al DIM y luego Nacional volvió a propinar el golpe.
En el finalización 2018, Julio Comesaña logró la octava estrella para Junior ante el Medellín, demostrando su capacidad para liderar al equipo hacia la victoria.
El Apertura 2019, con Comesaña reemplazando a Suárez, presenció el bicampeonato de Junior ante el Deportivo Pasto en una intensa definición por penales.
Sin embargo, la racha se vio cortada en el finalización 2019 cuando América venció a Junior, dejando a los tiburones sin el ansiado tricampeonato. La historia de Junior en finales es un caleidoscopio de emociones y gestas, cada una forjando la rica historia del club en el fútbol colombiano.
